柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
詹妮弗·卡朋特 乔尔·麦克哈尔 艾克·阿玛迪 史蒂夫·布卢姆 阿特·巴特勒 达林·德·保罗 罗宾·阿特金·唐斯 格蕾·德丽斯勒 戴夫·B·米谢尔 凯文·迈克尔·理查德森 乔丹·罗德里格斯 帕特里克·赛兹 弗雷德·塔特西奥
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詹妮弗·卡朋特 乔尔·麦克哈尔 艾克·阿玛迪 阿特·巴特勒 巴亚尔多·德·穆古拉 罗宾·阿特金·唐斯 格蕾·德丽斯勒 马修·杨·金 马修·默瑟 戴夫·B·米谢尔 保罗·纳高奇 艾米丽·奥布莱恩 乔丹·罗德里格斯 帕特里克·赛兹 弗雷德·塔特西奥 黛布拉·威尔逊 马修·里沃德 凯尔·怀亚特